เครื่องกรองน้ำนั้นถือเป็นอุปกรณ์ที่สำคัญในระบบการให้น้ำแก่พืชผลเกษตรกรรมปัจจัยหนึ่ง หากเครื่องกรองนั้นมีประสิทธิภาพก็จะส่งผลต่อการให้น้ำและปุ๋ยแก่พืชผลการเกษตรที่ทั่วถึงกว่า ดังนั้นการลงทุนเรื่องเครื่องกรองน้ำถือเป็นปัจจัยสำคัญในการช่วยลดความเสียหายที่อาจเกิดขึ้นจากความไม่มีประสิทธิภาพของกำลังแรงงานที่ทำหน้าที่ล้างแคะสิ่งอุดตันหัวฉีด ซึ่งความไม่มีประสิทธิภาพเหล่านี้อาจทำให้ต้นไม้ได้น้ำได้ปุ๋ยอย่างไม่ทั่วถึงและส่งผลเสียที่ตามมาต่อพืชผลเกษตรได้ เครื่องกรองน้ำปกตินั้นมีหลายรูปแบบ แบบไซโคลนเหมาะสำหรับน้ำที่มีทรายมาก กรองทรายเหมาะสำหรับการกรองที่มีอนุภาคที่ละเอียดมักใช้กับระบบน้ำหยด ข้อแนะนำที่สำคัญอีกประการหนึ่งคือ ระบบให้น้ำอย่างน้อยนั้นจะต้องมีเครื่องกรองน้ำแบบตะแกรงหรือแบบดิสก์ แบบตะแกรงนั้นจะมีราคาถูกกว่า แต่ประสิทธิภาพในด้านการกรองนั้นจะด้อยกว่าแบบดิสก์ เนื่องจากเพราะมีการกรองเพียงแค่ผิวตาข่ายกรองเท่านั้นน แต่การกรองแบบดิสก์จะทำงานในลักษณะกรองที่ผิวและมีความลึกของการกรองด้วย การกรองแบบดิสก์จึงมีประสิทธิภาพและให้ประสิทธิผลที่ดีกว่า